　　依據花蓮縣秀林鄉公所組織自治條例：置鄉長、秘書各一人，下轄民政課、建設課、農業經濟課、行政課、社會課、文化觀光課、人事室、主計室、殯葬管理所、南區服務中心等，並置所屬機關：幼兒園、圖書館、清潔隊，員額共計五十七人。鄉長綜理鄉政，指揮、監督所屬員工及機關。秘書為幕僚長，承鄉長之命，處理鄉政、掌理法制、機要、動員協調、核稿等事項。

各課室職掌

課室名稱	業務職掌
行政課	綜理財務、產業回饋金、水資源保育費、睦鄰捐助、原住民保留地租金、稅務、出納、財產、行政管理、研考業務、對外聯繫及媒體公關事務、鄉政推廣宣傳及部落資源盤點、庶務管理、工友及臨時人員管理、檔案收發業務、勞資會議、職業安全衛生管理、南區鄉政服務中心等業務。
民政課	綜理自治行政、宗教禮俗、調解業務及法律諮詢、公共造產、兵役行政、簡易自來水、村里基層建設工程、原住民族轉型正義、災害防救規劃執行及民防實施等業務。
建設課	綜理土木工程、都市計畫、公共建設、交通、水利、營建管理、違章建築查報、市場管理、公用事業、小型排水設施、簡易工商登記及路燈管理等業務。
農業經濟課	綜理農林漁牧生產、農業推廣、糧食農產運銷、農情統計調查、地政及原住民保留地管理與開發利用等業務。
社會課	綜理社政業務、社會福利、文教活動、教育管理與輔導、社會工作、就業輔導、社會救助、社區發展與管理、國民年金、全民健康保險、家政推廣教育及防災收容等業務。
文化觀光課	綜理文化保存、文化教育、觀光產業、文化產業發展及推動等事項、補助本鄉太魯閣族服飾購置、優秀文化人才獎勵金等業務。
殯葬管理所	綜理殯葬管理、全鄉監視器及社區建設等業務。
人事室	綜理組織編制、人員任免、考核訓練及退休撫卹等各項人事業務。
主計室	綜理歲計、會計及統計等業務。
幼兒園	綜理幼兒教保活動課程、園區餐飲與衛生管理、園區安全管理及環境設備維護等業務。
圖書館	綜理圖書管理行政、閱讀推廣活動、推廣藝文活動文化資產、數位機會中心等業務。
清潔隊	綜理環保業務行政、資源回收、家戶垃圾清運、廚餘回收、非自來水用戶清除處理費徵收及環境維護稽查等業務。
南區鄉政服務中心	本所行政課指導監督，協助及受理鄉民囑託案、鄉政業務諮詢、低收入戶證明、就業媒合服務、身心障礙鑑定表、身心障礙手冊、公墓規費、地方建設建議案、協助調解業務、受理戶政業務、人民申請案件等業務。